Средняя годовая температура воздуха в 1999 году была от +0,5° на западе до -2,0° - на востоке области, это близко к средним многолетним значениям. Самым холодным, на 3-7° ниже нормы, был январь. Морозная погода сохранялась и в первой декаде февраля. Отрицательные аномалии температуры воздуха в третьей декаде января и первой декаде февраля достигали 10-19°, а 27 января по некоторым пунктам были перекрыты абсолютные минимумы температуры воздуха, в том числе и в Мурманске.
Теплее обычного, на 1-4°, было в марте, апреле, июне, сентябре, октябре, ноябре. В мае наблюдался очень длительный период времени, до 23 дней, со среднесуточной температурой воздуха ниже 0°, а среднемесячная температура оказалась на 3-5° ниже нормы.
Осадков за год выпало 100-140% нормы. Дождливыми были июль и август, в эти месяцы на западе области выпала половина годовой нормы осадков. В зимний период к началу половодья максимальные снегозапасы составляли 90-140% нормы. К концу марта высота снежного покрова достигала 40-80 см.
Весна наступила на 10-20 дней раньше обычных сроков. Половодье было недружным и неоднородным по времени, многопиковым и маловодным.
Интенсивное повышение уровней воды началось в конце второй декады апреля, на 8-15 дней раньше нормы. 29-30 апреля сформировался первый пик половодья. 1-17 мая, в связи с похолоданием, водность уменьшалась. 26-28 мая на реках наблюдалось прохождение второго пика половодья, который для большинства из них был максимальным за половодье. Максимальные уровни воды были на 60-120 см, а на реках запада на 20-50 см ниже средних многолетних.
Дотаивание снега в начале июня на водоразделах, в горах и на северо-востоке области обусловила формирование третьего пика половодья. Для горных и северо-восточных рек в период с 9 по 15 июня пик был максимальным, он наблюдался на 10-20 дней позже нормы и был ниже средних многолетних значений на 30-160 см. Весеннее половодье закончилось в третьей декаде июня, в сроки близкие к обычным, для рек Терского побережья на 10-20 дней раньше нормы. Максимальные расходы воды рек за половодье составили 50-100% нормы.
Ледоход на реках юга области отмечался 26-30 апреля, на 13-16 дней раньше нормы, на реках остальной территории 15-17 мая, в сроки близкие к нормальным. Дрейф льда на крупных водоемах области наблюдался 31 мая - 10 июня, на 4-8 дней позже нормы.
Особенностью 1999 года является то, что водность рек второй половины года была на 10-60% больше, чем первой. В июле и августе на реках прошли дождевые паводки. В августе на реках северо-запада и центра уровни воды были выше максимальных за половодье на 15-60 см. Зима 1999-2000 года началась 3-4 ноября, что позже обычных сроков на 11-18 дней. Переход к зимнему режиму на реках и небольших озерах осуществился 5-6 ноября, что позже нормы на 1-12 дней. Ледостав на крупных водоемах установился 10-17 ноября, также позже нормы на 3-7 дней.
С 25 января до 14 февраля в Кольском заливе наблюдался 10-бальный лед толщиной 25-35 см, в губах до 40 см. В портах привлекались буксиры для околки льда, возникали затруднения при швартовых операциях, прекращалась навигация маломерных судов. Предупреждение о появлении льда в Кольском заливе было передано за двое суток. Замерзание Кольского залива явление редкое, бывает в среднем 1 раз в 30 лет, но в феврале 1998 года в Кольском заливе также был лед. Этому способствовало как холодная погода, так и экономические факторы, а именно снижение судоходства.
16 февраля по Мурманской области наблюдался южный ветер 20-24 м/с, на побережье Мурмана до 30 м/с. Усиление ветра сопровождалось выпадением умеренного снега, метелями, заносами на дорогах. Администрации городов и поселков, ГО и ЧС, дорожные, коммунальные и другие службы были предупреждены за 11-13 часов. В г.Мончегорске ветром сорвало 5 крыш с домов, повреждены двери в подъездах. Были созданы аварийные бригады, дороги своевременно расчищались, остановок транспорта не было.
С 23 января по 11 февраля по области наблюдалась очень холодная погода, со средней температурой за этот период от -23 до -29°, в центральных районах местами до -30, -34°. Критериев СГЯ данное явление не достигало, но создавало большие трудности населению, коммунальному хозяйству, дорожным службам и другим предприятиям.